München Bajorország déli részén fekszik, 4170 fő/km²-es népsűrűségével Németország legsűrűbben lakott nagyvárosa.

A legmagasabb pontja Warnbergben (579 m), míg a legalacsonyabb pontja a város északi részén található (482 m). A város folyója az Isar, amely München területén 13,7 km hosszan, délnyugatról északkeleti irányban folyik. Az Isar kettévágja a belvárost is. A folyó legismertebb szigete a Múzeum-sziget. München legtöbb kis patakja az Isarba folyik. A város környékén több tó is található: Ammersee, Wörthsee, Starnberger See. Az Isar mellett a város másik nagyobb folyója a Würm, amely a Starnbergi-tóból ered. A város teljes területe 31 041,91 hektár. München ezzel Berlin, Hamburg, Köln, Drezda és Bréma után az ország hatodik legnagyobb területű városa. 310 km²-es területéből 44,1% épület és hozzá tartozó beépítetlen terület, 17,1%-ot közlekedésre használnak, 15,6% mezőgazdasági terület, 15,5% mesterségesen kialakított zöldterület (park, temető), 4,1% erdő, 1,3% víz (folyó, tó) és 2,2% egyéb.