Az újraegyesítés óta Berlin ismét Németország fővárosa. 1991. június 20-án döntött a Bundestag arról, hogy Berlin lesz a kormány és a parlament székhelye. Az átköltözés nem zajlott le zökkenőmentesen, az új Reichstagban az első ülésnap 1999-ben volt, fokozatosan települtek át Bonnból a kormányzati szervek és hivatalok.
Az NDK Kelet-Berlinben saját magának egy monumentális épületet épített, a Palast der Republikot, amely székhelye volt az NSZEP-gyűléseknek, valamint itt ülésezett az NDK Népi Kamarája is. Az épületet 2008-ban lebontották.
Ma a szövetségi kormány, a Bundestag és a Bundesrat is itt székel. Néhány minisztérium azonban továbbra is Bonnban maradt. Minden minisztériumnak van Berlinben és Bonnban is kirendeltsége, attól függően, hogy hol van a székhelye.
Berlin tartományt és várost a Berlini Szenátus irányítja. A szenátust a polgármester és 8 szenátor alkotja. A városháza az egyesítés óta az egykori keleti városrészben álló impozáns Rotes Rathausban, magyarul a Vörös Városházán zajlik. A kettéosztás idején a nyugati városvezetés a schönbergi városházán székelt. Jelenleg (2012) Klaus Wowereit szociáldemokrata polgármester irányítja a várost, a kormányzó erők az SPD és a CDU. A közgyűlésen (Abgeordnetenhaus) a következőképp alakulnak 2011. szeptember óta az erőviszonyok:
 

Erőviszonyok alakulása 2011. szeptember óta

SPD (Szociáldemokrata párt) - 47 hely
CDU (Kereszténydemokrata Unió)- 39 hely
Szövetség ‘90/Zöldek  - 29 hely
Die Linke - 19 hely
Német Kalózpárt - 15 hely