Az óváros területén végzett ásatások során talált régészeti nyomok jelzik, hogy az újkőkor végén, i. e. 2000 körül a város területén már megtelepedtek embercsoportok. A mai Berg am Laim, Passing, Moosach és Sendling városrészek területéről kőkori (Hockergräber) sírok kerültek elő. A Harlaching és a Luitpold-park területén feltárt sírok a bronzkori ember Isar- és Würm-parti jelenlétét igazolják.

A kelta törzsek négyszögű földvárainak nyomai az Aubinger Lohe, Langwied, Feldmoching és Perlach városrészek területén találhatók.

Római kori sírnyomokat Aubing, Englschalking és Denning környékén találtak; utóbbinál még egy villa rustica nyomait is feltárták. A város mai területén két római út is vezetett át az Isaron. A Via Julia délen, Grünwaldnál és egy további északon, Unterföhringnél.

Számos ponton találtak a bajuvárok korából származó temetkezési helyeket. A bajuvárok főként az Isar és Würm parjai mellett telepedtek le, de bajuvár települést találtak a Johannes (Szent János)-templom építésénél is.

A mai München területén fekvő korábbi települések írásos emlékeinek sora i. sz. 750-től kezdve vannak meg: 750: Oberföring (ad Feringas), 763: Pasing (villa Pasingas) , 768: Bogenhausen (Pupinhusir), 782: Schwabing (Suuapinga), 779-806 között: Sendling (Sentilinga), 790: Giesing (Kyesinga), stb.

A későbbi München területét alkotó legutolsó településnevek okmányokban: 1158-ból Milbertshofen (Ilmungeshofen) és Harlaching (Hadaleichingen), 1166-ból Forstenried (Uorstersried, 1200-ból pedig Denning (Tenningen) voltak.

Városalapítás

1175-ben városi jogot kapott, és falakkal erősítették meg. Miután Henriket 1180-ben a birodalmi gyűlésen birodalmi átokkal sújtották, birtokait elvesztette. Bajorországot ugyanezen év szeptemberében, az ítélet hatályba lépése után a következőképpen osztották fel: A Bajor Hercegségből leválasztották Stájerországot és az isztriai őrgrófságot. A maradékot a Wittelsbachok kapták, név szerint Wittelsbach Ottó, s ettől kezdve, 1918-ig Bajorországban a Wittelsbachok uralkodtak. München a freisingi püspökség fennhatósága alá került, ahonnan a Wittelsbachok a várost is megszerezték 1240-ben. Ezt követően 1255-ben megépült itt az első hercegi rezidencia.

Bajorországi Lajos (1294- től herceg, 1328-1347 között IV. Lajos német-római császár) Münchent tette meg fővárossá, s új városfalat építtetett. Ebből az időből valók München zászlóinak színei, a fekete és az arany, amelyek a Német-római Birodalom színei.

A császári rang megszűnte után a hercegi család sorozatos helyi összetűzésekbe került. A 14. század végétől sorozatos felkelések robbantak ki a polgárság körében a hercegség ellen, ami egy megerősített székhely létesítését tette szükségessé, egy vízivárat, az úgynevezett Neuveste-t, a toronnyal, bástyával, körülfutó vizesárokkal (Graben) védett erődöt.

1429-ben a husziták többször is megtámadták Münchent, ezért a külső várfalat is megerősítették. 1442-ben III. Albert herceg parancsára a zsidókat mind Felső-Bajorországból, mind pedig a városból kiűzték. 1468-ban tették le a Mária-templom, ismertebb nevén a Frauenkirche alapkövét, és mindössze 20 év alatt fel is építették.

Bajorország rezidenciája és fővárosa

München a 15. század végétől, a késő gótikában élte első fénykorát. 1506-ban IV. Albert herceg egyesítette Felső-és Alsó Bajorországot és a várost tette fővárosává, majd nem sokára - a 16. század végén - már az ellenreformáció erős bástyájává is vált. IV. Vilmos és V. Albert a reneszánsz idején - főleg energikus polgársága - ismét felvirágoztatták a várost. 1589-ben V. Vilmos megalapította a Hofbräuhaus elnevezésű sörfőzdét.

I. Miksa választófejedelem 1623-ban a fejedelemség székhelyévé tette. 1632-ben a svédek elfoglalták Münchent. A városnak magas hadisarcot kellett fizetnie, és túszokat kellett adnia, hogy ne rombolják le az épületeket. A nem sokkal ezután kitört pestis járványban (1515-17) a népesség egyharmada meghalt. A járvány aharmincéves háború idején (1634) megismétlődött.

A háború végére, 1648 a város újra lábra állt. Ferdinánd Mária bajor választófejedelem uralkodásának idején, a 17. század második felében vált uralkodóvá Münchenben az olasz barokk művészet és kultúra.

A 18. század kezdete ugyancsak kedvezőtlenül érintette a várost. A spanyol örökösödési háborúban II. Miksa Emánuel választófejedelem Franciaországgal kötött szövetséget, emiatt Münchent a Habsburg Birodalom csapatai megszállták (1705-1715). Az ellenük indított polgár- és parasztfelkelést véresen leverték. Az osztrák örökösödési háborúban Károly Albert választófejedelem ismét a Habsburgok ellen fordult. Császárrá koronázása után, 1742-ben a Habsburg Birodalom hadserege két évre ismét megszállta a várost.

III. Miksa József választófejedelem 1759-ben alapította meg a Bajor Akadémiát.

IV. Miksa választófejedelem a napóleoni háborúk alatt ügyes politizálással elérte, hogy Napóleon császár elismerje őt a Bajor Királyság uralkodójának, München királyi székvárossá lett.

I. Lajos király uralkodása alatt (1825-1848) München ismert művészetkedvelő városként az "Isar-Athen" nevet viselhette. Leo von Klenze és Friedrich von Gärtner klasszicista művészek felépítették a Ludwigstraßét, a Köngisplatzot és kibővítették a királyi rezidenciát. A Német Császárság idején Luitpold herceg uralkodása alatt a város gazdaságilag és kulturálisan is fejlődésnek indult. Számos irodalmár és festő alkotott ekkor a városban. 1789-ben megépítették az Englischer Garten városi parkot. I. Lajos fia, II. Miksa uralkodása alatt (1848–1864) a városban elterjedt az angol gótikára emlékeztető „Maximilian stílus”. Ennek jegyében épült a Maximilianstraße, amely napjainkban Európa egyik legelőkelőbb és legdrágább bevásárlóutcája, valamint a Diadalív.

A Német Császárság idején - I. Lajos másik fia, Luitpold herceg alatt - a város gazdaságilag és kulturálisan is fejlődésnek indult. (Bár München 1328 óta a császár egyik székhelye volt, csak 450 évvel később kezdett igazi nagyvárossá fejlődni. 1700-ban 24 000 ember élt itt, és ezután körülbelül 30 évenként megkétszereződött a népesség. Így már 1871-ben 170 000-en, majd 1933-ban 840 000-en éltek Münchenben.) Ekkoriban számos irodalmár és festő alkotott a városban. 1896-ban jelent meg az új kulturális irányzatot képviselő Die Jugend (Az Ifjúság) című folyóirat, amely nevét a szecesszió német megfelelőjéről Jugendstiltől kapta. 1911-ben itt alakult meg a Der Blaue Reiter expresszionista művészcsoport.

Az első világháború alatt, 1916-ban három francia repülőgép intézett légitámadást a város ellen, de csak kisebb sérüléseket okoztak. 1918-ban baloldali fordulat következett be, és kikiáltották a Müncheni Köztársaságot. November 8-án Kurt Eisner lett az államfő. A következő években Münchenben is megerősödött a nacionalizmus. 1919-ben megalapították a Nemzetiszocialista Német Munkáspártot (NSDAP). 1923-ban itt volt a Sörpuccs, amikor is Adolf Hitler és az NSDAP megpróbálta erőszakosan átvenni a hatalmat. Kísérletük ekkor sikertelen maradt, Hitlert pedig börtönbe zárták. Hatalomra kerülése 1933 után a városban nagyszabású építkezések kezdődtek Hermann Giesler tervei alapján.

1938-ban itt írták alá a nagyhatalmak a Müncheni egyezményt, amelynek végeredménye Csehszlovákia feldarabolása és a szudétanémetek által lakott részeinek a Német Birodalomhoz csatolása lett. Mint minden német nagyvárost, Münchent is sok szövetséges légitámadás sújtotta a második világháborúban, a történelmi városközpont 90%-át és a teljes város 50%-át rombolták le a bombázások. Becslések szerint a bombázásokban kb. 6000 ember halt meg, 15.000 pedig megsebesült. 1945. április 30-án amerikai csapatok vonultak be Münchenbe.

A város háború utáni újjáépítésekor a korábbi történelmi városkép visszanyerése fontos szempont volt. Ezután azonban sorra települtek le a szolgáltatással foglalkozó vállalatok, például a média, a biztosítók és a bankok. Emellett a különböző múzeumoknak (például az Alte Pinakothek, a Neue Pinakothek és a Deutsches Museum) és az egyéb látnivalóknak köszönhetően a turizmus is megélénkült.

1972-ben Münchenben rendezték meg a XX. nyári olimpiai játékokat. Az eseményt a palesztin terroristák akciója árnyékolta be, amelyben több izraeli sportoló és egy német rendőr vesztette életét. A játékokra kiváló helyi tömegközlekedést építettek ki, megépült az U-Bahn (metró), és az S-Bahn (városi vasút). A belváros egy részét átalakították sétálóutcává. 1992-ben megnyílt a Franz Josef Strauß repülőtér, amely a korábbi München-Riem repteret váltotta. Ennek helyére épült később a Riemer park.